Первые шорцы, заселившие высокий мыс у впадения реки Кийзак в реку Мрас-Су, появились здесь в 1770-е годы. Шорцы назвали эту местность — улус Томазак (осинник на возвышенности), а русские — сельцо на Мысках. В 1826 году улус был внесён в реестр царской канцелярии под названием улус Мыски. Основным занятием жителей в то время были охота, рыболовство, скотоводство, сбор кедровых орехов, кузнечное ремесло.

Чёрная полоса внизу полотна символизирует месторождения каменного угля, разрабатываемые в окрестностях Мысковского городского округа. Одновременно с этим геральдически чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.

Выше волнообразной полосой, обрамлённой золотыми линиями, изображены Томь и Мрассу - две основные водные артерии города, которые издревле имеют большое значение для жизнедеятельности местного населения. Также голубой (лазурь) в геральдике символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. А окаймляющий его жёлтый (золото) - символизирует высшие ценности, величие, великодушие, богатство, урожай.

Основной цвет флага - зелёный, он символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду. И усиливает значение зелёного цветок азиатской купальницы (в народе его называют огонёк) - он указывает на красоту и чистоту окружающей Мысковское городское поселение природы, символизирует рост и расцвет экономики и культуры поселения, стремление жителей к достижению намеченных целей и реализации поставленных задач и планов.

Авторская группа:
Идея: Михаил Черняк (Мыски).
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Флаг утверждён решением Совета народных депутатов Мысковского городского округа №39-н от 11 июня 2013 года.